芬頓工藝促使工業廢水中的有機物質發生分解，從而有效降低廢水中的生物毒性濃度，可改善水質提高廢水的可生化性。但不同的工業生產會產生不同類型的工業廢水，其含有的有機物質及毒害物質成分復雜，所以，使用芬頓工藝處理不同的工業廢水也會出現一定的效果差異，這是因為不同成分的有機物在不同量的芬頓試劑作用下產生的反應效果不同，同時在有機物質與芬頓試劑的混合反應中，分子會出現脫氫現象，使C-C結構斷鏈。比如，所處理的工業廢水中含有較多的水溶性高分子或乙烯化合物，那么它在芬頓試劑的作用下，就很容易產生氫基自由基斷鏈，從而影響芬頓處理的實際效果。

     染印廢水由工業印染所產生，其廢水中的色素成分很高，色素沉淀物對其他水體具有很強的污染性，且這些廢水的含鹽量非常高，這也使工業染印廢水的生化性較弱。從常規處理技術的處理結果來看，印染廢水本身的需氧量濃度過高，所以處理效率及效果不如人意。芬頓工藝的優勢在于可以逐步將這些有機物分解成可降解物質，此處理工藝為有效處理印染廢水提供重要途徑。芬頓工藝在強氧化作用下可以大大降低印染廢水染料的整體色度，當前很多處理廠在處理染印廢水時，除了采用一般的芬頓工藝外，還采用由芬頓工藝衍生出來的其他工藝，主要在于充分發揮其強氧化性能，比如目前許多廢水處理廠常采用微電解氧化工藝，對印染廢水中最難降解的蒽醌染料進行微電解，可最大限度降解蒽醌染料廢水中的有機物。